Implémentations de MPI sur le Mésocentre Plusieurs implémentations de mpi sont disponibles pour les différents compilateurs. Pour connaitre les implémentations de mpi disponibles, utilisez la commande suivante : module avail openmpi Pour charger une version sur votre compte, utilisez la commande « module load » : Exemple : module load openmpi/1.6.5-gfortran Pour voir la version configurée sur […]
Pour personnaliser son environnement Python et pouvoir installer des nouveaux packages voici la démarche à suivre : 1-Charger une version anaconda de python avec la commande « module » module avail : permet de connaître la liste des versions python disponibles module load : permet de charger la version souhaitée module load python/2.7anaconda 2- La […]
Description Netcdf (network Common Data Form) est un format indépendant de la machine pour la manipulation de données scientifiques. Les fichiers netcdf peuvent être écrits/lus par de nombreux logiciels type IDL, Matlab. Les librairies C, fortran, Java, etc sont aussi disponibles pour lire/ecrire des fichiers netcdf. Les données Netcdf sont: Auto-descriptives: un fichier netcdf inclut […]
Les machines du Mésocentre sont des machines 64 bits. Vous avez le choix de compiler en 64 bits ou en 32 bits seulement sur les machines 64 bits. De manière générale, les librairies 32 bits sont installées sur les répertoires /usr/lib/. Les librairies 64 bits sont sur /usr/lib64/. Les include sont sur /usr/include/. Les compilations […]
ncdump est un utilitaire de base qui fait partie de la distribution de netCDF. ncdump -h <file.nc> liste les métadonnées du fichier netCDF, ncdump -c <file.nc> liste les métadonnées et les variables de coordonnées, ncdump <file.nc> liste les métadonnées et toutes les données. Attention : la sortie peut être très volumineuse. Accéder aux Pages du […]
NCO est une boîte à outils netCDF permettant d’extraire des sous-régions de fichiers, ou au contraire de concaténer des fichiers, d’éditer des attributs, etc. NCO est particulièrement utile si vous souhaitez travailler chez vous sur une zône géographique restreinte. La documentation est ici. Vous avez un login normal sur le Mésocentre : lancez l’application NCO […]
Description HDF est un produit du NCSA(National Center for Supercomputing Applications) . C’est une bibliothèque permettant de créer et de manipuler des fichiers au format HDF. Ce format permet de conserver et d’échanger des images et des données scientifiques. HDF-5 a été développé pour résoudre les problèmes rencontrés avec HDF-4, notamment sur la limite de […]
Présentation HDF-EOS est une extension du format HDF, dédiée au format des données satellite, avec notamment la mise en place de nouvelles structures de données: Grid, Point et Swath. Un des intérets de HDF-EOS est de pouvoir effectuer facilement une sélection géographique (et temporelle) sur la donnée. Utilisation La version 2, construite à partir du […]
Présentation HDF-EOS est une extension du format HDF, dédiée au format des données satellite, avec notamment la mise en place de nouvelles structures de données: Grid, Point et Swath. Un des intérets de HDF-EOS est de pouvoir effectuer facilement une sélection géographique (et temporelle) sur la donnée. HDF-EOS5 utilises toujours les memes structures (Grid, Point […]
Description HDFview est une interface graphique (développée en java) qui permet d’afficher le contenu de fichiers HDF ou HDF-EOS, en version 4 ou 5. Utilisation HDFview est disponible sur le Mésocentre, avec le plugin permettant de lire des fichiers au foramt HDF-EOS. Pour lancer le logiciel, taper: « hdfview.sh » Documentation http://www.hdfgroup.org/hdf-java-html/hdfview/