Open MPI

Publié le Publié dans Calcul parallèle

Implémentations de MPI sur le Mésocentre

  • Plusieurs implémentations de mpi sont disponibles pour les différents compilateurs. Pour connaitre les implémentations de mpi disponibles, utilisez la commande suivante :

module avail openmpi

  • Pour charger une version sur votre compte, utilisez la commande « module load » :

Exemple : module load openmpi/1.6.5-gfortran

  • Pour voir la version configurée sur votre compte :

module list  ou  which mpirun

 

Utilisation de OpenMPI sur le cluster

Pour les batch il n’est pas utile de préciser à mpirun le nombre de processeur (-np) car c’est le gestionnaire de batch qui le communique à OpenMPI.

  • Par exemple, pour lancer un job sur 4 cpus d’un même noeud, taper :

qsub -l nodes=1:ppn=4 monjob.sh

  • Pour 4 cpus repartis sur 2 nœud, taper :

$ qsub -l nodes=2:ppn=2 monjob.sh