Implémentations de MPI sur le Mésocentre
- Plusieurs implémentations de mpi sont disponibles pour les différents compilateurs. Pour connaitre les implémentations de mpi disponibles, utilisez la commande suivante :
module avail openmpi
- Pour charger une version sur votre compte, utilisez la commande « module load » :
Exemple : module load openmpi/1.6.5-gfortran
- Pour voir la version configurée sur votre compte :
module list ou which mpirun
Utilisation de OpenMPI sur le cluster
Pour les batch il n’est pas utile de préciser à mpirun le nombre de processeur (-np) car c’est le gestionnaire de batch qui le communique à OpenMPI.
- Par exemple, pour lancer un job sur 4 cpus d’un même noeud, taper :
$ qsub -l nodes=1:ppn=4 monjob.sh
- Pour 4 cpus repartis sur 2 nœud, taper :
$ qsub -l nodes=2:ppn=2 monjob.sh