Le format NetCDF

Publié le Publié dans Bibliothèques NetCDF
Description

Netcdf (network Common Data Form) est un format indépendant de la machine pour la manipulation de données scientifiques. Les fichiers netcdf peuvent être écrits/lus par de nombreux logiciels type IDL, Matlab. Les librairies C, fortran, Java, etc sont aussi disponibles pour lire/ecrire des fichiers netcdf.

Les données Netcdf sont:

  • Auto-descriptives: un fichier netcdf inclut des informations sur les données qu’il contient.
  • Architecture-indépendantes:un fichier netcdf est représenté sous une forme accessible par différentes types de machines (little endian, big-endian).
  • En accès direct: une sous-partie d’un large jeu de données peut être extraite efficacement, sans lire toutes les données précédentes.
  • Partagées : un utilisateur peut modifier et un autre lire simultanément le même fichier netcdf.

Utilisation 

NetCDF est installé sur le Mésocentre. Pour compiler vos programmes en utilisant cette librairie :

  • librairies NetCDF 3.6.3 : disponible dans /opt/netcdf3/ pour chaque compilateur. Pour compiler :

<Compilateur> -I/opt/netcdf3/<Compilateur>/include -L /opt/netcdf3/<Compilateur>/lib -lnetcdf

Exemple : pgf95 -I/opt/netcdf3/pgf95/include -L /opt/netcdf3/pgf95/lib -lnetcdf

  • librairies NetCDF 4.2 : disponible dans /opt/netcdf4/ pour chaque compilateur. Pour obtenir les options de compilation :

/opt/netcdf42/<Compilateur>/bin/nf-config –all

Exemple : /opt/netcdf42/pgf95/bin/nf-config –all

Documentation

Documentation unidata

Les outils standards de manipulation des fichiers NetCDF sont les commandes NcDump et NcGen, et les outils NCO.